همانطور که قبلاً بحث شد، چندین مطالعه افزایش سطح آنزیم های پروتئولیتیک و مولکول های التهابی را در لایه اشکی و قرنیه بیماران کراتوکونیک نشان داده اند. اینها عبارتند از MMP-1، MMP3، MMP-7، MMP-13، اینترلوکین (IL)-4، -5، -6، -8، فاکتور نکروز تومور (TNF)-a، -b. بالاسوبرامانیان و همکاران تأثیر مالش چشم بر MMP-13، IL-6 و TNF-a در لایه اشکی داوطلبان عادی قبل و بعد از 60 ثانیه مالش تجربی چشم بررسی شد.
سطوح MMP-12، IL-6 و TNF-a پس از 60 ثانیه مالش چشم در چشم های غیر کراتوکونیک به طور قابل توجهی نسبت به پایه افزایش یافت. این توهین التهابی ممکن است پس از مالش مداوم و شدید چشم تشدید شود. هرگونه عدم تعادل در بیان و فعالیت مولکول های کلاژنولیتیک و پیش التهابی در بافت قرنیه در نتیجه یک عامل اپی ژنتیک مانند مالش چشم، ممکن است منجر به ضعیف شدن پیشرونده قرنیه و تظاهرات KC شود.