بیان پروتئوگلیکان ها و گلیکوزآمینوگلیکان ها در KC تغییر می کند.
از آنجایی که آنها با فیبرهای کلاژن تعامل دارند، نقش مهمی در خواص بیومکانیکی قرنیه دارند.
پیوندهای متقابل کلاژن که کلید استحکام بیومکانیکی قرنیه هستند در قرنیه های KC کاهش می یابد. آنزیم پیوند متقابل درون زا لیزیل اکسیداز (LOX) در KC کاهش می یابد و یک رابطه معکوس با درجه KC نشان می دهد. سطوح به ویژه در ناحیه اکتاتیک قرنیه کاهش یافت. این مشاهدات به وضوح بر ارتباط آنزیم پیوند متقابل درون زا در پاتوژنز KC تأکید می کند.
