عدم تعادل در آنزیم های پروتئولیتیک مانند متالوپروتئینازهای ماتریکس (MMP)، کاتپسین، کلاژناز، ژلاتیناز، می تواند منجر به تغییرات ساختاری در KC شود.
MMP9 در قرنیه، اشک و سرم بیماران KC افزایش یافته است. نشان داده شده است که با بدتر شدن درجه KC افزایش می یابد و نشان داده شده است که در ناحیه اکتاتیک قرنیه بیشتر است. بیماران KC با آلرژی چشمی و سیستمیک مرتبط نیز سطوح بالاتری از MMP9 را در اشک نشان دادند [26]. این یافته ها به نقش مهم MMP9 در اتیوپاتوژنز بیماری اشاره دارد. سطوح MMP2 و MMP13 در قرنیه KC و سطح MMP13 در اشک بیماران KC در ارتباط با شدت و پیشرفت بیماری افزایش یافت. سطوح مهارکننده های پروتئیناز مانند بازدارنده آلفا 1-پروتئیناز و بازدارنده بافتی ماتریکس متالوپروتئیناز-1 که آنزیم های پروتئولیتیک را تنظیم می کنند در KC به طور قابل توجهی کمتر بود.
