کراتیت عفونی و زخم قرنیه از عوارض احتمالی CXL هستند. تخریب اپیتلیوم قرنیه در طول CXL و نقص اپیتلیال ناشی از آن، استفاده از لنز تماسی با باند نرم و کورتیکواستروئیدهای موضعی عوامل خطر عفونت میکروبی هستند .اخیراً کراتیت شدید با اسمیر قرنیه برای pseudomonas aeruginosa گزارش شده است. یک مطالعه چهار مورد کراتیت شدید را در گروهی از 117 چشم کراتوکونیک تحت درمان با CXL استاندارد گزارش کرد .
یک مطالعه گذشته نگر بر روی 2350 بیمار (1715 CXL معمولی، 310 ترانسپیتلیال CXL و 325 CXL تسریع شده) طی 7 سال (از ژانویه 2007 تا ژانویه 2014)، چهار چشم با نفوذ قرنیه را نشان داد که باعث ایجاد کراتیت عفونی استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به موکسیفلوکساسین شد (121). Kymionis و همکاران گزارش یک مورد از کراتیت لاملار منتشر پس از CXL را گزارش کردند (122). کراتیت آکانتامبا و کراتیت پلی میکروبی نیز پس از CXL گزارش شده است. بهداشت ضعیف لنزهای تماسی به عنوان یک عامل خطر بالقوه در این بیماران در نظر گرفته شده است. سری های کوچک بیماران تشکیل نفوذهای استرومی استریل پس از CXL را توصیف کردند. همچنین گزارش هایی از نفوذ حلقه های استریل محیطی بعد از CXL وجود دارد که پس از القای استروئیدهای موضعی به طور کامل برطرف شد (123). واکنش ایمنی به آنتی ژنهای استافیلوکوکی مسئول این عارضه عنوان شده است.
