محمد قلی شمس در سال ۱۲۸۴ به دنیا آمد. وی فرزند دکتر یحیی شمس ملک‌آرا ملقب به لسان الحکما و نوه عبدالحسین میرزا ملک آرا (ملقب به شمس الشعرا از شاعران عارف مسلک دوران قاجار و نواده فتحعلی شاه قاجار) بود. وی در سال ۱۳۰۲ به هزینه پدرش وارد رشته پزشکی در دانشگاه نظامی لیون شد. او تنها دانشجوی غیر فرانسوی بود که موفق به ورود دوره دکتری دانشگاه شد و مدتی پس از دانش‌آموختگی به تدریس و پژوهش در همان دانشگاه ادامه داد. در سال ۱۳۱۱، قبل از تأسیس دانشگاه تهران، به دعوت وزیر علوم به ایران بازگشت و با سمت استادی در دارالفنون مشغول به تدریس پزشکی شد.
در آن سال‌ها در مناطقی جنوبی ایران بیماری تراخم به شدت شیوع داشت به‌طوری که شوشتر را شهر کوران می‌خواندند. محمدقلی پس از بازدید از این مناطق برای همیشه از بازگشت به فرانسه صرف نظر کرد. روش درمانی او برای این بیماری به وسیله الکترو کواگولیشن در مقاله‌ای مفصل در دهه ۱۹۵۰ ارائه گردید. شمس بنیان‌گذار بیمارستان چشم پزشکی فارابی به عنوان اولین مرکز تخصصی چشم پزشکی در ایران است. وی در هنگام مرگ قدیمی‌ترین عضو انجمن چشم‌پزشکی فرانسه بود و بارها به ریاست انجمنهای چشم پزشکی مختلف در جهان برگزیده شد. وی مؤسس انجمن چشم‌پزشکی ایران و نشریه تخصصی چشم‌پزشکی است.
او که تا آخرین روزهای زندگی در سن ۹۱ سالگی مشغول معالجه بیماران بود در سال ۱۳۷۵ درگذشت. در دوازدهمین کنگره سراسری چشم پزشکی ایران از او به عنوان استاد برجسته و پدر چشم‌پزشکی ایران تجلیل شد. ملقب به پروفسور شمس، پدر چشم پزشکی ایران از فرانسه است
