تغییرات هورمونی در بدن بر پاتوژنز و پیشرفت KC تأثیر می گذارد. بیماری های مرتبط با تیروئید و سایر اختلالات هورمونی می توانند با KC مرتبط باشند. تغییرات هورمونی در دوران بارداری می تواند منجر به تغییرات بیومکانیکی در قرنیه و پیشرفت قوز قرنیه شود. درمان جایگزینی هورمونی با استفاده از استروژن/پروژسترون نیز با KC مرتبط است.
افزایش قابل توجه سطوح دهیدرواپی آندروسترون سولفات (DHEA-S) و کاهش سطح استرون در بزاق بیماران KC مشاهده شده است. هیچ ارتباط مستقیمی بین تغییرات هورمونی و شدت KC وجود ندارد، با این حال استروژن ها در تعدیل بیان سیتوکین های پیش التهابی، از جمله IL-6 و TNF-a در سلول های اپیتلیال قرنیه نقش دارند. از این رو ممکن است سطوح هورمونی ریزمحیط استرومایی مانند عوامل التهابی و متابولیسم سلولی را تعدیل کند که می تواند بر KC تأثیر بگذارد [51]. کمبود ویتامین D که یک هورمون استروئیدی است نیز در برخی مطالعات به دلیل نقش آن به عنوان تعدیل کننده التهابی و پاسخ استرس با افزایش استعداد به KC مرتبط است.